Le prieuré est placé sous le vocable de Sainte-Gauburge, sainte Patronne des apothicaires, l'installation d'une petite communauté de moines daterait de l'an 1006.
Un prieuré est un établissement monastique qui dépend d'une abbaye. Il est habité et géré par des moines sous l'autorité d'un prieur.
Le prieuré est à la fois un lieu de prières et une exploitation agricole. Les moines gèrent le temporel (ensemble des terres qui en dépendent). Les revenus qu'ils en tirent reviennent à leur abbaye.
Au début du XIIe siècle, le prieuré est confié à l'Abbaye Royale de Saint-Denis-en-France. Cette abbaye dépendant du pouvoir royal, ses biens tombent sous cette juridiction.
Au XVe siècle, le système de la commende est installé (le roi nomme les prieurs). Les familles Croquet et Abot ont conservé le prieuré de 1476 à 1749. La famille Abot, est proche de Marguerite de Navarre. Après la Révolution, les terres et les bâtiments du prieuré sont vendus comme biens nationaux, le 9 juin 1791.
L'église est classée en 1903 et les bâtiments conventuels en 1980.
En 1943, une fête organisée par les Jeunesses Agricoles Catholiques du Perche (JAC) permet une première campagne de nettoyage, de défrichements, et quelques aménagements de fortune sont réalisés pour fermer les baies ouvertes à tous vents.
En 1972, les Amis du Perche, prennent le relais de ce sauvetage. Ils installent un musée d'art et de tradition populaire afin de donner une nouvelle vie à ce monument.
La conservation et la gestion de l'ensemble sont confiées au département de l'Orne en 1985.
Une nouvelle page d'histoire s'ouvre pour le prieuré...
L'importance de cet édifice marque la puissance des prieurs et le rattachement du prieuré à l'Abbaye Royale. D’inspiration romane le massif occidental de l'église est percé d'une baie géminée et du porche surmonté d'un tympan très sobre. La nef de style gothique se termine par un chevet éclairé de hautes baies finement ornementées de feuillages. Le voûtement de pierres a disparu laissant apparente la charpente lambrissée. Deux chapelles s'ouvrent, l'une sur le chœur, la chapelle du prieur, l'autre dédiée à Saint-Sébastien, sur la nef.
Jusqu'à la révolution, l'église abrite le culte réservé aux moines au sein de la clôture monastique. Elle héberge également la communauté paroissiale. Deux autels, trois piscines réservées aux ablutions rituelles, une trace d'arrachement de la chair, les fonds baptismaux, attestent de ses différents usages entre le monde régulier (règle monacale) et le monde séculier (laïque).
Lieu de vie de la communauté monastique, ce bâtiment édifié au XIIe et modifié au XIVe siècle communiquait avec l'église afin de faciliter l’accès aux nombreux offices auxquels étaient astreints les religieux. Au début du XVIe siècle, le bâtiment est flanqué d'une tour d'escalier octogonale qui transforme le cloître. D'autres transformations ont lieux au cours des siècles suivants sur l'édifice qui a cependant, conservé des salles remarquable : salle capitulaire et armarium.
Ce bâtiment édifié au XIIIe siècle a été profondément remanié au XVe et XVIe siècle. Les prieurs n'ont eu de cesse que de rechercher prestige et confort. Les remarquables cheminées historiées attestent de ce gout pour le luxe. Les peintures murales de l'étage dont la restauration est attendue illustrent ce faste perdu.
Cette exploitation a connu une grande prospérité jusqu’au mois de février 1993, date à laquelle le couple de fermier prend sa retraite. Le Conseil général de l'Orne prend alors l'initiative d'acquérir l'ensemble des bâtiments agricoles et conventuels. L'Écomusée s'installe dans cet ensemble cohérent. En effet trois grandes sections du bâti posent le modèle agricole du Perche du XIXe aux années 1960 : l’outil de travail, l’habitation du fermier, l’habitation temporaire du propriétaire.
Les parties agricoles et conventuelles ont permis la conception d’un programme de stages et d’expérimentations sur le bâti paysan et ses abords. La gamme des possibilités passe du jardin à la maçonnerie, de l’apiculture à la cuisine rustique, etc.
Au public scolaire est offerte une large gamme d'ateliers.
Le prieuré allié au musée, forme une passerelle reliant passé, présent et avenir. C'est un lien entre les générations.
1972 : Création du Musée par l'association des Amis du Perche, dans l'église du prieuré
1985 : Musée contrôlé par l'État, Collection publique. Construction d'un bâtiment, restauration de l'église (État, Région, Département, fondation CA…)
1988 : Création d'activités pédagogiques
1993 : Remise du prieuré par le Conseil Général de l'Orne. Politique étendue des publics
1998 : Première étude pour la restauration du prieuré
1999 : Le musée signe une convention avec le Parc Naturel Régional du Perche
2000 : Première rédaction du projet scientifique et culturel du musée. Création d’un comité scientifique pluridisciplinaire
2002 : Convention avec la Communauté de Communes du Perche Sud
2005 : Mise à jour du projet de musée et adoption par le Conseil Général de l’Orne
2006 : Millénaire du prieuré : Des ateliers d’histoire pour renouveler la recherche concernant le prieuré de Sainte-Gauburge et l’histoire de l’agriculture du Perche
2008 : La charretterie, premier bâtiment restauré dans le cadre du nouveau projet de musée. Salle de conférence et d’exposition.
2009 : Étude de faisabilité du projet scientifique et culturel de l’écomusée. Restauration de l’ensemble de la couverture du logis des moines
2010 : Restauration de la couverture de la grange (réserves du musée)
2011 : Étude pour la création d’un verger conservatoire
2013 : L’Écomusée accueille le tournage de Madame Bovary, film de Sophie Barthes
2015 : Rédaction du synopsis pour la scénographie du musée
2016 : Édition d'un parcours numérique pour le jeune public au sein du musée. Rédaction du synopsis pour la scénographie du prieuré